南京醫藥作為公眾企業，熱心社會公益事業。2003年“非典疫情”、2008年雪災和汶川大地震中積極承擔社會責任，及時提供救災藥械。在2008年雪災捐助和抗震救災工作中，公司先后捐款、捐物2139.37萬元，更是首批到達汶川震中救災的外省市援助單位之一。公司不凡的口碑和真誠的奉獻努力成為社會公眾尊重信賴的企業，先后12次被評為“江蘇省文明單位”，連續20年被評為“南京市文明單位”，2008年被評為“江蘇省工人先鋒號”等諸多榮譽，2009年南京醫藥股份有限公司被評為“20年20星”醫藥質量管理企業明星。2010年獲“高標準企業管理現代化創立成果一等獎”。2011年榮獲“藥品質量誠信建設示范單位”，2011年獲“江蘇省模范勞動關系和諧企業”稱號，獲江蘇省總工會授予“模范職工之家”榮譽。這正是政府和社會對南京醫藥勇于承擔社會責任的認可。